MTsN 2 Indragiri Hilir berawal dari MTs Sa’adah El Islamiyah, kemudian berkembang menjadi Madrasah Menengah Pertama dan PGAN 4 Tahun. Pada tahun 1978, melalui penyederhanaan struktur pendidikan madrasah berdasarkan SK Menteri Agama No. 15, 16, dan 17 Tahun 1978, PGAN 4 Tahun resmi berubah menjadi MTsN Tembilahan (MTsN 094 Tembilahan).
Madrasah mulai beroperasi pada 1979, disusul pembangunan gedung baru pada 1980 di Jalan Batang Tuaka di atas lahan seluas 8.355 m². Pada masa awal, madrasah hanya memiliki tiga ruang kelas dengan fasilitas yang masih terbatas.
Berdasarkan KMA RI No. 669 Tahun 2016, nama MTsN Tembilahan resmi berubah menjadi MTsN 2 Indragiri Hilir, yang terus berkembang sebagai madrasah berprestasi dan berdaya saing.
Madrasah ini telah dipimpin oleh beberapa kepala madrasah dari waktu ke waktu, yaitu:
1. H. ABD. KHALID ZUHRI, BA tahun 1978 s/d 1980 (PGAN)
2. IDHAM MATSIH tahun 1980 s/d 1985
3. A. SAMAD HUSIN tahun 1985 s/d 1989
4. Drs. NASIBAN tahun 1989 s/d 1992
5. H. SAID JAMAL, S.Pd.I tahun 1992 s/d 2002
6. H. KURSANIE, S.Pd.I tahun 2002 s/d 2008
7. Hj. NETTY KURNIAWATI, M.Pd.I tahun 2008 s/d 2012
8. Drs. H. M. RUSLI tahun 2012 s/d 2017
9. Dra. SRI MULYATI, MA tahun 2017 s/d sekarang


“Terwujudnya peserta didik yang berakhlakul karimah, unggul dalam prestasi, terampil dalam teknologi, serta peduli terhadap lingkungan.”
1.Menanamkan nilai-nilai keislaman dan akhlak mulia dalam kehidupan sehari-hari.
2.Menyelenggarakan pembelajaran yang aktif, kreatif, dan inovatif.
3.Mengembangkan potensi siswa di bidang akademik dan non-akademik.
4.Mengintegrasikan teknologi dalam proses pembelajaran.
5.Mewujudkan lingkungan madrasah yang bersih, hijau, dan sehat.
